تأسست كلية اللاهوت المعمدانية العربية في تشرين الأوّل/أكتوبر عام 1960، وقد احتفلت مذ مدة وجيزة، بذكرى مرور 50 سنة على تأسيسها. بدأت الكلية مسيرتها في منشآت مستأجرة في بيروت ولكن ما لبثت أن انتقلت إلى موقعها الحالي في منصورية المتن، حَيِّزٍ يُعَدُّ من ضواحي المدينة. أمّا جذورها كمؤسسة معمدانية، تعود إلى العام 1893، عندما بدأ الشاب اللبناني المعمداني، سعيد جريديني، الخدمة في المنطقة. بعد ذلك بعامين، تأسست كنيسة معمدانية في بيروت.

وفي غضون العقود القليلة اللاحقة أُنشئت كنائس معمدانية أخرى في لبنان والبلدان المجاورة، بالإضافة الى المستشفيات والمدارس. وقد دعت الحاجة الضاغطة إلى تأسيس كلية تُقيم رعاةً ومبشِّرين وخدّامًا آخرين. وحين انتقل المُرسَل فينلي غراهام عام 1948من الأردن إلى بيروت، بدأ سعيًا متواضعًا، لكنه هامٌّ، لتأسيس تلك الكلية. فقد أراد غراهام وآخرون معه، تأسيس كلية لاهوت معمدانية، من شأنها أن تخدم العالم العربي بوجه عامّ وقد أتت هذه الرغبة بثمارها مع إنشاء كلية اللاهوت المعمدانية العربية في عام 1960وكان فينلي غراهام أوّل رئيس لها.

منذ إنشائها في عام 1960، تخرّج من الكلية مئات الطلاب من الجزائر وأرمينيا ومصر والهند والعراق والأردن ولبنان والمغرب وفلسطين وجنوب السودان والسودان وسوريا وتونس. وقد استفاد مئات آخرون من البرامج الدراسية القصيرة المدى من دون الحصول على شهادة. بالإضافة إلى الطلاب الذين من خلفية معمدانية، ثمة تمثيل لطوائف أخرى مثل الانجليكانية، جماعة الله، الإنجيلية الحرة، الإتحاد المسيحي، كنيسة الله، اللوثرية، الميثودية، الناصري والمشيخية والخمسينية.

الغالبية العظمى من هؤلاء الخريجين منخرطون بخدمة فعّالة في عالم لغة الضاد. ويقدم قسم اللاهوت في كلية اللاهوت المعمدانية العربية التعليم داخل الصفوف لتحصيل شهادة علمية، فضلًا عن فرص التدريب الأخرى. تُدرّس المواد في الكلية باللغة العربية وبصورة تلائم سياق العالم العربي وتلبيةً لاحتياجاته. ويركّز تعليم كلية اللاهوت المعمدانية العربية أيضًا على تنمية الحياة الروحية الشخصية،و الخدمة الفعالة للمجتمعات العربية الدينية، ومعرفة تاريخ الأقليات المسيحية في العالم العربي وخصوصياتهم، والحساسية لنواحٍ خاصة من الحياة الروحية الشرقية.

ابتداءً من عام 2001، طرأ تحسين جذري على بناء الكلية، فباتت توفر لطلابها، أعضاء هيئة التدريس والموظفين منشأةً فسيحة ومريحة ومجهزة تجهيزًا وافيًا يمكّنها من إنجاز رسالتها. على الرغم من أنّ الكلية متمركزة في مبانيها الخاصة، فهي تتشارك الموقع مع الجمعية اللبنانية للإنماء التربوي والإجتماعي، وهي الهيئة التي تمتلك وتدير كلية اللاهوت المعمدانية العربية، فضلا عن خدمات الجمعية الأخرى.

بعد انتهاء فترة فينلي غراهام في منصب رئاسة الكلية، خلفه امت بارنز. أمّا د. غسان خلف فقد أصبح الرئيس الثالث لكلية اللاهوت المعمدانية العربية في عام 1993، وكان أوّل لبناني يتبوأ هذا المنصب.

وفي شهر حزيران من سنة 2008، شهدت الكلية نهاية حِقبَةٍ مُثمِرة وبداية حقبة أخرى من حياة القس غسان خلف وخدمته، الذي استقال بناءً على شعوره بدعوة الله ليخصِّص وقتَه وجُهدَه للتأليف وتشجيع الكنيسة. فتولّى د. بول ساندرز آنذاك منصب نائب رئيس الكليّة، وتحمل العبء الإداري وقام بإحداث تطورات أوصلت الكلية إلى موقع القوة التي تتمتع به الآن.

وفي شهر آب/أغسطس 2008، عيّن مجلس أمناء كلية اللاهوت المعمدانية العربية مدير التنفيذي إيلي حداد، حامل الجنسية اللبنانية والكندية، رئيسًا للكلية. وما زال يشغل هذا المنصب حتى الوقت الحاضر.